土地增值税计算及其扣除
但上述加计扣除项目，并不是所有的房地产转让销售在计算土地增值税时都可以加计扣除的，只有符合一定的条件才可以享受。一是必须是从事房地产开发的纳税人，也就是具有开发资质的企业；二是必须实际从事了房地产开发业务，对只从事房地产二手转让的企业，不得减除加计扣除项目。
二、区分以下几种情况进行处理：
根据国家税务总局《关于印发〈土地增值税宣传提纲〉的通知》（国税函发〔〕号）规定，在具体计算增值额时，要区分以下几种情况进行处理：第一，对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。这样规定的目的主要是抑制“炒”买“炒”卖地皮的行为。显然，这种情况没有规定加计扣除项目。
第二，对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用、开发土地所需成本再加计开发成本的20%以及在转让环节缴纳的税金。这样规定，是鼓励投资者将更多的资金投向房地产开发。需要纳税人注意的是，这种情况虽然可以加计扣除，但在计算转让土地使用权加计扣除项目时，仅是对开发成本加计扣除，对土地成本价款不加计扣除。
第三，对取得土地使用权后进行房地产开发建造的，在计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款和有关费用、开发土地和新建房及配套设施的成本和规定的费用、转让房地产有关的税金，并允许加计20%的扣除。这可以使从事房地产开发的纳税人有一个基本的投资回报，以调动其从事正常房地产开发的积极性。需要纳税人注意的是，在计算开发建造房屋转让销售的加计扣除项目时，不仅允许对开发成本加计扣除，对土地成本价款也允许加计扣除。
第四，转让旧房及建筑物的，在计算其增值额时，允许扣除由税务机关参照评估价格确定的扣除项目金额（即房屋及建筑物的重置成本价乘以成新度折扣率后的价值），以及在转让时缴纳的有关税金。这主要考虑到如果按原成本价作为扣除项目金额，不尽合理。而采用评估的重置成本价能够相对消除通货膨胀因素的影响，比较合理。从中也可以看出，这种转让旧房的情况也不允许加计扣除。
此外，对于转让旧房及建筑物的，如果能够取得购置发票，还可以采用另外一种计算土地增值税的方法。财政部、国家税务总局《关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔〕21号）第二条规定，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）项、第（三）项规定的扣除项目的金额（即土地价和房屋建筑物评估价），可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《税收征管法》第三十五条的规定，实行核定征收。
三、加计20%的扣除
我国土地增值税实施细则规定，对从事房地产开发的企业，在缴纳土地增值税时允许按取得土地使用权时所支付的金额和房地产开发成本之和，加计20%的扣除。由于房地产开发成本费用繁多，核算比较麻烦，房地产开发企业在开展土地增值税清算时，特别是加计20%的扣除时，需要特别注意。
第一，取得土地使用权时所缴契税可计入加计扣除基数。房地产开发企业取得土地使用权时支付契税的扣除问题，《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔〕号）第五条规定，房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。根据上述规定，房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应计入“取得土地使用权所支付的金额”，可作为加计扣除20%的基数。
第二，装修费用能否加计扣除视情而论。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔〕号）第四条第（四）款规定，房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本，作为土地增值税的扣除项目。既然规定装修费用可以计入开发成本，则应当允许土地增值税加计扣除；对于房屋的精装修部分，如果属于与房屋不可分离，一旦分离将会导致房屋结构、功能损坏的部分，应当允许土地增值税加计扣除。但是，对于电视机、壁式空调等可以分离的部分，不得作为房地产开发成本，且不得加计扣除。总之，凡以建筑物或构筑物为载体，移动后会引起性质、形状改变或者功能受损的装修装饰物支出，可以作为开发成本计算扣除。上述之外的其他装修装饰费用支出，一律不得作为开发成本扣除。
第三，转让旧房准予扣除项目的加计率按每年加计5%计算。上述国税函〔〕号文件第七条规定，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务机关确认，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计1年。超过1年，未满12个月但超过6个月，可以视同为1年计算。
第四，房地产企业单独修建的售楼部、样板房等营销设施费，应分不同情况处理。
（一）房地产企业在开发小区内、主体外修建临时性建筑物作为售楼部、样板房的，其发生的设计、建造、装修等费用，应计入房地产销售费用扣除。售楼部、样板房内的资产，如空调、电视机等资产性购置支出不得在销售费用中列支。
（二）房地产企业在主体内修建临时售楼部、样板房的，其发生的设计、建造、装修等费用，建成后有偿转让的，应计算收入并准予扣除。
（三）房地产企业利用规划配套设施发生的售楼部、样板房的设计、建造、装修等费用，如果建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；如果建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；如果建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
第五，取得土地使用权所支付的费用，不包括政府以各种形式减免或者返还的金额。在计算土地增值税时，取得土地使用权支付的地价款，应以纳税人实际支付土地出让金减去因受让该宗土地时政府以各种形式支付给纳税人的经济利益。按照房地产企业财务会计制度规定，以上支出在“开发成本”中列支，收到返还的上述资金应冲减开发成本，在进行土地增值税清算时，应将上述实际支付的政府代收费用从“开发成本”调入“财政部规定的其他扣除项目”，不享受加计20%扣除的优惠。
第六，实际支付的代收费用可予以扣除，但不允许作为加计扣除的基数。《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算鉴证业务准则〉的通知》（国税发〔〕号）第二十五条规定，对纳税人按县级以上人民政府的规定在售房时代收的各项费用，应区分不同情形分别处理。
（一）代收费用计入房价向购买方一并收取的，应将代收费用作为转让房地产所取得的收入计税。实际支付的代收费用，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计扣除的基数。
（二）代收费用在房价之外单独收取且未计入房地产价格的，不作为转让房地产的收入，在计算增值额时不允许扣除代收费用。
四、10%是综合费用。
（一）房地产开发费用（如有金融机构利息单则用“利息+（1+2）*5%”，如全部自有资金开发或不能取得支付金融机构利息凭证的则“（1+2）*10%”。
（二）合理合法的可列支的10%是综合费用，可以在房地产开发费用科目，或财务费用科目中列支。一般企业都列支在“房地产开发费用”科目为妥。
五、不与扣除费用。
由于土地增值税是地方税，具体操作办法由各地税务机关制定实施。所以，全国各地不完全一样，有时同一省的不同省辖市之间也有差异。目前，一般有以下费用作为政府代收费不允许加计扣除，包括市政公用基础设施配套费、防空地下室易地建设收费、新型墙体材料专项基金、白蚁防治费、散装水泥专项基金。